2004 m., kai šalies aukštosiose mokyklose vyravo komercinė virtuali mokymosi aplinka (VMA) WebCT, kurios licencija metams kainavo dešimtis tūkstančių litų, mūsų universitete buvo įdiegta atviro kodo virtuali mokymosi aplinka Claroline; nuo 2006 m. pavasario pereita prie nemokamos virtualios mokymosi aplinkos MOODLE.
Matematikos ir informatikos fakultetas 2005–2006 m. įgyvendino ESF projektą „Atvira virtuali informatikos mokytojų mokymo aplinka“.
Socialinių mokslų fakulteto Ekonomikos katedroje pagal investicinius projektus buvo sukurtos dvi virtualios mokymosi aplinkos – „Ekonomikos ir verslo pagrindų VMA“ ir „Švietimo vadybos magistrantūros studijų VMA“.
VPU Profesinių kompetencijų tobulinimo institutas 2008–2010 m. įgyvendino Nord Plus Horizontal programos projektą „Mokyklų vadybos tobulinimas Baltijos regione“, kurio metu buvo sukurta virtuali mokymosi aplinka ugdymo įstaigų vadovų kvalifikacijai tobulinti švietimo vadybos klausimais.
LEU Elektroninių studijų centras administruoja šias virtualias mokymosi aplinkas (VMA):