Lietuvoje prasidėjus atgimimui Istorijos fakultete vykstant pokyčiams 1988 m. rugsėjo 1 d. įkurta Lietuvos TSR istorijos katedra, kurios vedėja paskirta prof. dr. Aldona Gaigalaitė. 1989 m. rugsėjo 1 d. katedros pavadinimas pakeistas į Lietuvos istorijos, šiandien tai vienintelė katedra Lietuvoje išsaugojusi tokį pavadinimą. 1990 m. nuo Lietuvos istorijos katedros atsiskyrė naujai suformuotos Baltų pristorės bei Istorijos tyrimų ir metodikos katedros. 1993 m. prie Lietuvos istorijos katedros įsteigtas Lietuvos istorijos kabinetas, kuriame kaupiami, publikuoti Lietuvos istorijos šaltiniai ir naujausi tyrimai. 2006 m. Universiteto senato nutarimu prie katedros įsteigtas Taikomųjų istorijos tyrimų centras bei patvirtinti jo nuostatai.
Lietuvos istorijos katedra 1998 m.
Katedros darbuotojai daug dėmesio skiria ne tik kokybiškoms studijoms, moksliniams tyrimams, bet ir projektinei veiklai. 2000–2009 m. Lietuvos istorijos katedra parengė 11 monografijų, 6 straipsnių rinkinius, 10 šaltinių publikacijų, 2 taikomuosius darbus (parlamentarų biografinius žodynus), suorganizavo 25 konferencijas iš jų 21 nacionalinę ir 4 tarptautines mokslines konferencijas. Katedros darbuotojų iniciatyva 2004 m. buvo akredituota Lietuvos Lokaliosios istorijos magistro studijų programa, 2007 m. Taikomosios istorijos bakalauro studijų programa.
Katedroje dirbo žinomi Lietuvos istorikai: 1988–1993 m. doc. dr. Nijolė Barysienė, 1988–1990 m. prof. dr. Eugenijus Jovaiša, 1988–1997 m. doc. dr. Vincas Kryževičius, 1988–2003 m. Rasa Sperskienė, 1990–2006 m. doc. dr. Romas Batūra, 1991–2002 m. Vytautas Raudeliūnas, 1995–2003 m. doc. dr. Algimantas Kasparavičius, 1995–1998 m. prof. habil. dr. Aldona Prašmantaitė, 1996–2006 m. doc. dr. Arvydas Anušauskas, 2003–2005 m. prof. habil. dr. Tamara Bairašauskaitė, 2005–2009 m. prof. habil. dr. Alvydas Nikžentaitis.
Šiuo metu Lietuvos istorijos katedroje dirba dešimt darbuotojų. Pirmaeiles pareigas užima prof. dr. Aivas Ragauskas, doc. dr. Deimantas Karvelis, lekt. dr. Valdas Selenis, lekt. Vigintas Stancelis, lekt. dr. Mindaugas Tamošaitis, lekt. dr. Domininkas Burba, katedros vedėjo padėjėja Deimantė Švėgždaitė ir katedros kabineto vedėjas Martynas Maniušis. Antraeilėse pareigose dirba prof. dr. Raimonda Ragauskienė, lekt. dr. Artūras Svarauskas, lekt. Žydrūnas Mačiukas, asist. Egidijus Miltakis.
Atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę katedros vedėjais buvo: 1990–2002 m. doc. dr. Romas Batūra, 2002–2009 m. prof. dr. Aivas Ragauskas, 2009–2012 m. doc. dr. Robertas Jurgaitis, 2012 m. katedros vedėju paskirtas doc. dr. Deimantas Karvelis.